Aus pragmatischen Gründen:
Auf dem Weg zur Kirche hat man viele Gegenstände oder auch das eigene Gesicht berührt und damit die Hände kontaminiert (= mit Mikroorganismen verschmutzt).
Ein gründliches Händewaschen direkt nach dem Betreten der Kirche würde das Infektionsrisiko zwar verringern, ist aber aus Zeitgründen (zu wenig bzw. zu kleine WC-Bereiche) nicht für alle Kirchenbesucher durchführbar.